氫氘交換 (HDX-MS)
HDX-MS測量蛋白質結構骨架中氫分子的可及性。在分析過程中，未結合的抗原和結合的抗體-抗原復合物都在氘 (D2O) 水中孵育，以便將任何酰胺氫與來自蛋白質骨架暴露氨基酸的氘交換。然后可以使用高分辨率質譜法仔細確定這些氘分子在蛋白質序列上的位置。通過比較未結合的抗原與結合的抗體-抗原復合物，可以確定表位的殘基。該技術需要仔細控制反應的溫度、pH 值和時間。
HDX-MS 的其他應用通過 CovalX 的 HDX 分析利用高分辨率分子結構視圖用于以下項目：
? 生物仿制藥表征
? 高階結構
? 構象/蛋白質動力學
? 小分子相互作用
? 蛋白質-蛋白質相互作用
? 蛋白質折疊表征
交聯耦合質譜 (XL-MS)
超大質譜儀首先用質量標記的化學交聯劑結合抗體和抗原。接下來，使用高質量 MALDI 檢測確認復合物的存在。由于在應用交聯化學后，Ab/Ag 復合物非常穩定，因此可以將多種酶（五種并行使用）和消化條件應用于復合物以提供許多不同的重疊肽。這些肽的鑒定使用高分辨率 Orbitrap™ 質譜和 MS/MS 技術進行。使用連接到交聯試劑的質量標簽來確定交聯肽的識別。使用特定相互作用軟件進行 MS/MS 碎裂和數據分析后，在同一實驗中確定表位和互補位。由于質譜檢測的高靈敏度和準確度，需要的材料量非常少。
XL-MS 的其他應用：
? 蛋白質-蛋白質相互作用
? 映射聚合
? 平行互補位映射分析