清洗程序：水沖洗—殺菌滅藻清洗——清洗劑除垢清洗——清洗后沖洗——預膜——清洗后的清理。
1、水沖洗
水沖洗的目的是用大流量的水盡可能沖洗掉系統中的灰塵、泥沙、脫落的藻類及腐蝕物等疏松的污垢，同時檢查系統的泄漏情況。沖洗水的流速以大于0.15m/s為宜，沖洗合格后排盡系統內的沖洗水。
2、殺菌滅藻清洗
殺菌滅藻清洗的目的是殺死系統內的微生物，并使設備表面附著的生物粘泥剝落脫離。排掉沖洗水后將系統內加入殺菌滅藻劑進行清洗，當系統的濁度趨于平衡時停止清洗。
3、清洗液除垢清洗
清洗液清洗的目的是利用清洗劑把系統內的水垢、氧化物溶解后溶于水沖洗掉。將清洗劑加入中央空調系統用循環泵循環清洗并在最高點排空和最低點排污，以避免產生氣阻和導淋堵塞，影響清洗效果。清 洗時應定時檢測清洗液濃度、金屬離子（Fe2+、Fe3+、Cu2+）濃度、溫度、PH值等，當金屬離子濃度趨于平緩時結束清洗。
4、清洗后的漂洗
此次水沖洗是為了沖洗掉清洗時殘留的清洗液以及清洗掉的雜質，沖洗是要不斷開起導淋以使沉積在短管內的雜質、殘液沖洗掉。沖洗是不斷測試PH值，濁度，當PH值、濁度趨于平緩時結束沖洗。
5、預膜
預膜的目的是讓清洗后處于活化狀態下的金屬表面或保護膜受到傷害的金屬表面形成一層完整耐蝕的保護膜。
6、清洗結束后的清理
冷卻器蒸發器清理，清洗結束后應把主機的冷卻器，蒸發器打開冷卻器用專用通管器逐管拉通沖洗，由于冷卻器的水循環系統暴露于大氣當中而且熱交換溫度高，所以冷卻器的結垢狀況會比其他地方嚴重，必要時應對冷卻器單獨外接敞開式循環系統進行清洗除垢，確保冷卻器內的每一根銅管暢通。用高壓水沖洗蒸發器，將蒸發器內沉淀的雜質徹底沖洗掉，必要時也要對蒸發器單獨外接循環系統進行清洗。
冷卻塔清理，由于冷卻塔暴露于大氣中，運行過程中會有大量的泥沙、藻類等附著于冷卻塔填料表面，不清理干凈會在以后的運行中將這些污垢沖洗到冷卻器內造成冷卻器內熱交換銅管的堵塞，影響熱交換效果，所以必須對冷卻塔進行徹底清理。